Im Unterschied zu einigen anderen im 15. Jahrhundert gegründeten deutschen Universitäten besaß Rostock von Anfang an eine Medizinische Fakultät. Das Studium der Medizin war für deutsche Ärzte bis in das 14. Jahrhundert hinein nur an Universitäten des Auslands, beispielsweise in Frankreich oder Italien, möglich. Das Wirken der Universität war eng mit der Hanse verbunden.

Berühmte Mediziner dieser Epoche waren z.B. Jakob Bording (1550 - 1557), Wilhelm Lauremberg (1581 - 1612) und Heinrich Brucäus (1568 - 1593). In den letzten Jahren der Hanse gründete der Mathematiker und Philosoph Joachim Jungius 1622 in Rostock die "Societas ereunetica sive cetetica" als erste naturwissenschaftliche Gesellschaft in Deutschland. Seit dem 18. Jahrhundert wirkten hier bis in die Mitte dieses Jahrhunderts wiederum berühmte Mediziner wie der Chirurg Karl Strempel (1826 - 1872), Hermann Stannius (1837 - 1863), der Augenarzt Albert Peters (1901 - 1933), der Kinderarzt Hermann Brüning (1909 - 1939), der Internist und Blutspezialist Viktor Schilling (1941 - 1957), der Internist Hans Curschmann (1916 - 1941), der Gynäkologe Robert Schröder (1911 - 1922), der Pathologe Walter Fischer (1922 - 1946), der Pharmakologe und Biochemiker Peter Holtz (1938 - 1953) sowie der Mikrobiologe und Hygieniker Johannes Kathe (1949 - 1957) und viele andere bedeutende Mediziner, die nicht alle namentlich benannt werden können. Unter Otto Körner wurde 1901 in Rostock das erste Ordinariat für Hals-Nasen-Ohrenheilkunde in Deutschland eingerichtet. Das Ordinariat für Pharmakologie war das zweite seiner Art, auch der Lehrstuhl für Hygiene gehört zu den ältesten im Lande. 1938 wurde in Rostock die erste Zahnklinik Deutschlands in Betrieb genommen.

Heute sind an der Universitätsmedizin Rostock mehr als 80 Professoren tätig. Es werden jährlich ca. 1.300 Studenten in den Fachrichtungen Medizin und Zahnmedizin ausgebildet. Zur Universitätsmedizin Rostock gehören 36 Kliniken / Abteilungen sowie 19 Institute. Die Universitätsmedizin verfügt als einer der größten medizinischen Einrichtungen des Landes Mecklenburg-Vorpommern gegenwärtig über 1.080 Betten (mit Tagesklinik) und beschäftigt fast 4.000 Mitarbeiter.